經濟
1、有利於降低人員和物資的流通成本，提高經濟和社小三通會效益，進而促進經貿往來與經濟發展；
2、兩岸“三通”的實現，有利於加強兩物流公司岸合作，共同應對國際金融危機；
3、有利於發揮台灣和大陸經濟互補的優勢，促進雙方的共同發展。
海峽兩岸三通平均使大陸與台灣的距離縮短1200公裡左右。縮小了中華文化圈的直徑。是有利於華人的好事情。有利於增強華人的生存能力。
兩岸本來希望透過小三通作試點，令兩岸全面三通能夠恢復過來。可是，基於自台灣李登輝時代後期的戒急用忍政策轉向，和繼任的陳水扁政府對中國大陸的態度，導致大陸海協會和台灣海基會的磋商陷於癱瘓，使得大陸貨運小三通未能引發全面三通。而小三通初期的相關配套措施，也因太匆促而不夠完善，導致使用者對小三通怨聲載道。而政府限制只有特定人士才能循小三通往返兩岸。
不過，小三通的確能夠加強福建和台灣之間的民間交流，可說是為日後的台商包機開設先例。從2001年開航以來，因為節省旅費旅程，逐漸成為台商往返兩岸的捷徑。2001年的旅客數只有2萬人次，成長到2005年的50萬人次。
小三通航線累計客運量達600萬人次
福建省省長黃小晶28日參加第六屆泛珠三角區域合作與發展論壇時說，“小三通”海上航線累計客運量已達600萬人次，成為往來兩岸最便捷的通道。
另外，小三通對於金小三通貨運門馬祖的幫助最大的維持金馬到台灣本島的班機密度及參觀金馬的中國大陸觀光客，其他方面的經濟助益其實非常小，因為經由小三通往返兩岸者大多只是把金馬當成中繼站，並沒有在當地消費。小三通對台灣經濟也無正面影響，因為小三通無法讓台灣獲得經由台灣轉機至中國大陸的航運市場，也不是貨運直航(空運)的替代方案──這些都是對台灣有利的三通項目。
“小三通”將在一定程度上兩岸貨運帶動金廈及雙馬(馬祖與馬尾)地區區域經濟交兩岸物流流。由於兩地地理區位、文化背景一致，兩地通航將會促進該地區經貿、旅游、文化等多方面的聯系。地方政府的積極性很高，有意推動兩地的合作與交流。2001年1月28日，連江縣“立法委員”曹爾忠和議長陳振清等與福州馬尾經濟文化中心簽署“福州馬尾-馬祖關於加強民間交流與合作的協議”，內容包括了漁事、漁業、文化、貿易、旅游、醫療等合作領域。盡管台灣當局表示未經授權的協議不具備法律效力，但兩地這種民間交流協議已成事實，對兩地交流仍具積極與啟迪作用。有人估計，若將廈門-金門旅游業務聯系起來，每天開放大陸700人赴金門兩天一夜游，一年就賺25億元新台幣，由此帶動的金廈經濟圈將會獲得重要發展。2000年台灣民間也成立了“金、馬地區兩岸交流協會”及2001年4月又成立了金門分會，以推動金廈兩地的交流，推動全面“小三通”，希望首先實現老兵、台商、金、馬旅台鄉親與大陸籍等能比照金、馬居民中轉直航大陸。
日前，金門縣政府規劃在新湖漁港設立“兩岸漁獲交易中心”與“兩岸貨品交易中心”，希望金門成為台商投資大陸的營運管理中心，促進兩地經濟交流與繁榮地區方經濟。同時，福建省正計劃在平潭建立對台經貿特區及對台開放旅游區。若台灣民眾特別是福建地區5萬多名台商及其他地區的台商在金門設籍，前往福建及周邊地區將更快速、方便，未來很可能在兩岸全面直接“三通”前成為繼香港、澳門之後又一個兩岸中轉地，必將促進金、馬與福建沿海地區的經濟發展。因此從長遠看，“小三通”有助於福建與金、馬地區及台灣的人員往來與交流，推動兩地經濟的發展。
政治
1、海峽兩岸三通促進了各種交流，對大陸人口認識台灣很有幫助；
2、有利於促進大陸走向民主，這是潛在的政治好處；
3、三通促進了雙方相互的信任、政府機構的交流；
4、三通導致未來密切的經濟交流，有利於避免未來的軍事衝突，對整個中華民族意義重大。
三通的發展不但在地理上縮短了差距，而且在經濟，政治，文化等各方面促進了兩岸的和平發展，和平統一十分有利。
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